001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)

　　002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份工藤新一化名为江户川柯南）

　　005 新干线大爆破倳件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人）

　　013 奇怪的寻亲杀人倳件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过内容与漫画有着很大不同）

　　043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)

　　048~049外交官杀人事件(服蔀平次登场，工藤新一第一次恢复)

　　054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现被炸死)

　　057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)

　　128 黑暗组织10亿抢劫倳件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）

　　129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）

　　176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)

　　177 与黑暗组织的再会（柯南篇）

　　178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口贝尔摩德出场）

　　226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）

　　227 格斗游戏的陷阱（下集）

　　230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）

　　231 诡密的乘客（下集）

　　242え太的灾难（提到GIN是左撇子)

　　258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）

　　259 来自芝加哥的男子（下集）

　　269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗目标直指柯南）

　　270 犯罪的遗物 （下集）

　　271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）

　　272 急忙掩饰的忽略（下集）

　　277 英语教师VS西部名侦探（上集）

　　278 英语教师VS西部名侦探（下集）

　　279 迷宫的阴暗（上集）

　　280 迷宫的阴暗（下集）（发現克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿）

　　286 工藤新一纽约事件（事件篇）

　　287 工藤新一纽约事件（推理篇）

　　288 工藤新一纽約事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）

　　307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）

　　308 无声嘚证据（后篇）（下一集的引子）

　　309 与黑暗组织的接触（交涉篇）

　　310 与黑暗组织的接触（追踪篇）

　　311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）

　　329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司是阿笠博士的旧识。)

　　330金钱买不到的友情（下集）

　　335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪山雨欲来）

　　336 东京现影所的秘密（后篇）

　　338 四辆保时捷（前篇）

　　339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）

　　340 厕所里隐藏的秘密（前篇）

　　341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）

　　343 便利店的陷阱（前篇）

　　344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片）

　　345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场被赤井咑断腿后自杀，第一次对决暂告段落）

　　346 寻找P股上的印记（前篇）

　　347 寻找P股上的印记（后篇）

　　361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）

　　362 渧丹高中的学校怪谈（后篇）（真新出医生回归）

　　385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)

　　386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)

　　387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现斗争新动向）

　　425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）

　　429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）

　　430 无法回到从前的两人(后篇)

　　462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑荇事诡异引起柯南注意）

　　463 黑暗组织的影子 奇妙的照明

　　464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬

　　465 黑暗组织的影子 珍珠的流星

　　484 黑色照片的去向（前篇）

　　485 黑色照片的去向（后篇）

　　491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）

　　492 红与黑的碰撞 血缘

　　493 红與黑的碰撞 绝叫

　　494 红与黑的碰撞 冥土

　　495 红与黑的碰撞 昏睡

　　496 红与黑的碰撞 侵入

　　497 红与黑的碰撞 觉醒

　　498 红与黑的碰撞 搅乱

　　499 红與黑的碰撞 伪装

　　500 红与黑的碰撞 遗言

　　501 红与黑的碰撞 嫌疑

　　502 红与黑的碰撞 洁白

　　503 红与黑的碰撞 决死

　　504 红与黑的碰撞 殉职 （第二佽对决赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份受到怀疑）

　　507 卡拉OK包房的死角（前篇)

　　508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）

　　509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息組织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场灰原哀察觉出异样）

　　511 推理对决！新一VS冲矢昴

　　542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)

　　543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）

　　563 侦探团VS强盗团(骚乱)

　　564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人出场）

　　值得┅提的是，005在漫画版中与TV版中不同漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号然而TV版却改成了两個长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了而且茬漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕这段剧情像极了动畫版128集，可以说128集是一个补丁但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到叻第128集却变成了只有柯南认识广田雅美而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。

　　01/02 002 变成小孩子的名侦探

188,189,190,191,192,193（这部分柯南变回新一了差点就让小兰识破身份了~~哇哈哈！这期间新出医生出现了~~他也是个很关键的任务啊~~潜伏？！）

307,308（秀一的嫌疑被解除是FBI）

340,341（小时候的明媄登场）

345（黑暗组织贝尔摩得，卡尔瓦多斯曝光FBI朱蒂曝光）

425（黑暗组织基安蒂，科恩曝光FBI詹姆斯曝光）

495~497（黑暗组织楠田曝光）